Votre intuition est juridiquement fondée, et votre inquiétude légitime.
Si l’intention de l’établissement semble animée par un souci pratique ou d’adaptation, la formulation et le dispositif posent plusieurs difficultés au regard de la laïcité et du droit des données personnelles.
En effet, l’administration scolaire est tenue à une neutralité absolue à l’égard des convictions religieuses. Elle ne peut ni présumer, ni identifier, ni collecter des informations relatives aux pratiques religieuses des élèves, sauf cas très strictement encadrés (santé, sécurité).
Demander un ‘justificatif pour motif religieux’ dans un cadre collectif introduit une catégorisation religieuse des élèves, crée une pression implicite à la déclaration de croyance, et constitue potentiellement une collecte de données sensibles, au sens du RGPD.
La bonne pratique aurait été de proposer un dispositif strictement neutre, fondé sur l’absence ou la non-consommation de repas sans référence au motif religieux, ou d’indiquer que toute absence de repas pour convenance personnelle peut donner lieu à information de l’intendance, sans justification.
Généralement, en début d’année scolaire, les établissements informent par écrit les responsables légaux sur la possibilité d’obtenir une remise d’ordre en cas d’absence prolongée, pour tout motif lié à la situation particulière de l’élève ou aux circonstances familiales, sans que ce motif soit précisé, ni par les services gestionnaires des établissements, ni par les familles.
En l’état, la démarche ne respecte pas le cadre légal.